Jan Koj urodził się 29 lipca 1888 r. w Komornikach. W 1902 ukończył szkołę podstawową w Bielszowicach, następnie kontynuował naukę w Zakładzie Salezjańskim w Ivrea we Włoszech oraz gimnazjach w Bochni, Cieszynie i Ołomuńcu. W 1913 złożył egzamin dojrzałości i wstąpił do seminarium duchownego w Widnawie. Od 1914 r. studiował również filozofię i teologię na Uniwersytecie Wrocławskim.
W 1916 r. został wcielony do Armii Austro-Węgier, w której służył jako tłumacz. Po zakończeniu I wojny światowej kontynuował studia na wydziale teologicznym Uniwersytetu Wrocławskiego. Jako członek Polskiej Organizacji Wojskowej Górnego Śląska skierowany został do Powiatowego Komisariatu Plebiscytowego na Powiat i Miasto Katowice, pełniąc funkcję sekretarza i zastępcy Komisarza Plebiscytowego, a następnie Głównego Komisarza Plebiscytowego. Podczas ataku niemieckiej bojówki na siedzibę Komisariatu brał udział w jej obronie. Podczas II powstania śląskiego pełnił funkcję łącznika, zapewniając komunikację z przedstawicielami Międzysojuszniczej Komisji Rządzącej i Plebiscytowej. W trzecim powstaniu śląskim walczył w 3 Katowickim Pułku Piechoty im. Jana Henryka Dąbrowskiego dowodzonym przez Rudolfa Niemczyka. Powierzono mu również organizowanie rad ludowych na opanowanych przez powstańców terenach. Po likwidacji powstania objął funkcję zastępcy naczelnika Wydziału Pracy i Opieki Społecznej Naczelnej Rady Ludowej Górnego Śląska, a następnie członka prezydium NRL.
Po przyłączeniu części Górnego Śląska do Polski w 1922 r. objął funkcję kierownika biura personalnego Śląskiego Urzędu Wojewódzkiego. We wrześniu tego samego roku Jan Koj został wybrany burmistrzem Mikołowa, którą to funkcję pełnił nieprzerwanie do chwili wybuchu II wojny światowej. Z listy Narodowo-Chrześcijańskiego Zjednoczenia Pracy uzyskał mandat posła na Sejm Śląski III i IV kadencji. W latach 1935–1938 sprawował mandat posła na Sejm RP. Piastował również funkcję członka Sądu Administracyjnego w Katowicach. Obok działalności politycznej i samorządowej był m.in. członkiem Zarządu Gmin Województwa Śląskiego, członkiem zarządu Biura Zjazdów Samorządu Terytorialnego w Warszawie, członkiem Zarządu Związku Straży Pożarnych Rzeczypospolitej Polskie, prezesem Wojewódzkiego Oddziału Związku Straży Pożarnej Rzeczypospolitej Polskiej w Katowicach, prezesem Ochotniczej Straży Pożarnej w Mikołowie.
Za swoją działalność otrzymał m.in. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Złoty Krzyż Zasługi, Medal Niepodległości, Krzyż na Śląskiej Wstędze Waleczności i Zasługi I i II klasy, Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921, Miecze Hallerowskie, Gwiazdę Górnośląską oraz Medal za Długoletnią Służbę.
Po wybuchu II wojny światowej opuścił Górny Śląsk i udał się do Lwowa, gdzie wszedł do członka kierownictwa Komitetu Uchodźców Śląskich we Lwowie. Pracował jako pielęgniarz w Klinice Ortopedii Uniwersytetu Lwowskiego u prof. Adama Grucy, a później jako woźny w Instytucie Medycyny. Brał również udział w wykładach z bakteriologii i zatrudnił się w Instytucie Badań nad Tyfusem Plamistym i Wirusami prof. Rudolfa Weigla. Uczestniczył w działalności konspiracyjnej m.in. pod pseudonimami Jan Kajan i Józef Liszka do kwietnia 1944 r. Następnie ukrywał się, początkowo w Częstochowie, a następnie w Radomiu, gdzie doczekał końca wojny.
W lutym 1945 r. powołany został do zespołu pełnomocnika rządu gen. Aleksandra Zawadzkiego, z zadaniem przygotowania kadry urzędniczej do objęcia administracji na opanowywanych terenach. Pełnił funkcję prezydenta Nysy, następnie wiceprezydenta i prezydenta Gliwic. W lutym 1947 r. w wyborach do Sejmu Ustawodawczego otrzymał mandat posła jako bezpartyjny. Jan Koj zmarł na zawał serca 6 maja 1948 r. w klinice w Krakowie.